西暦500年ごろ

下野国の国造を務めた奈良別命が任を終え、武蔵野の尾花の原（現在の熊谷市中奈良）を開拓して奈良郷を築く。没後、徳を偲んだ郷民により祀られたのが奈良神社の起源とされる。

慶雲2年

陸奥国の蝦夷反乱の鎮圧に際し、奈良神社が神威を発揮したと伝えられる。

嘉祥3年

『文徳実録』により、奈良神社が式内社（延喜式神名帳収載）として記録される。

中世（鎌倉〜室町時代）

熊野信仰が広まり、奈良神社は熊野社と称されるようになる。奈良神社の社地に熊野三社を合祀したとも、別に存在した奈良神社を移したともいわれる。

天正18年

成田氏が豊臣秀吉に降伏し、下野国烏山へ移る。社僧・円蔵坊も随行したとされるが、『風土記稿』では不届きによる追放と記され、後に「年行事社」として祀られる。

天正19年

聖護院門跡と徳川家康の間で、修験者の地位が安堵される。長慶寺が社の別当となり、天台宗本山派修験を継承する。

慶安2年

徳川家康により、別当寺・長慶寺に寺領20石が寄進される。また、この頃に高野山浄心院の末寺となる。

天保年間

復古思想の影響で、社名が再び「奈良神社」に改められる。拝殿には「武蔵国四十四坐神 式内社」の額が掲げられ、白川家門人によって奉納される。

明治時代

神仏分離令により、本殿の熊野神の本地仏（弥陀・薬師・観音）が長慶寺へ移され、代わって神鏡が奉安される。